健康管理师证书考试主要分为理论知识和操作技能两部分，在理论知识部分，考试内容主要包括健康管理概论、临床医学、预防医学、常见慢性病、流行病学、健康教育、营养与食品安全、运动学、心理学、康复医学、健康信息学、医学伦理及职业道德、健康保险以及相关法律法规等，这部分的题型全部为选择题，分为单选题和多选题，单选题共70道，多选题共30道，每题1分，满分100分，需要注意的是，多选题少选多选都不得分。

在操作技能部分则主要考察健康监测、健康风险评估与分析、健康指导、健康危险因素干预以及健康管理案例等，考题分为共用题干单项选择题和案例分析题两部分，前者58题，后者42题，共计100道题，满分100分。