心理咨询师证书发证机关是指负责颁发心理咨询师资格证书的政府部门或机构，心理咨询师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(原卫生厅、局)共同负责，还有一些行业协会和专业机构也会颁发心理咨询师证书，如中国心理卫生协会、中国婚姻家庭咨询学会等。

国家卫生健康委员会是全国范围内心理咨询师证书的监管部门，负责制定心理咨询师培训和考试的政策法规，组织实施全国心理咨询师资格认证工作，根据《中华人民共和国国家卫生健康委员会令(第1号)》(以下简称《令》),自2017年起，心理咨询师资格考试实行全国统一考试，分为初级、中级和高级三个等级，考试合格后，由国家卫生健康委员会颁发相应的心理咨询师资格证书。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本辖区内心理咨询师资格认证工作的具体实施，各级卫生健康委员会会定期组织心理咨询师培训和考试，并对考试成绩进行审核，审核通过的考生，可以向当地卫生健康委员会申请颁发心理咨询师资格证书。

除了政府部门外，一些行业协会和专业机构也会颁发心理咨询师证书，中国心理卫生协会是一个具有权威性的心理咨询行业组织，其会员单位经过严格审核，可以颁发心理咨询师证书，还有一些专业培训机构和学校，如北京师范大学心理学院、华东师范大学心理与认知科学学院等，也会为学员颁发心理咨询师证书。

心理咨询师证书发证机关主要包括国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，以及一些行业协会和专业机构，这些机构负责制定相关政策法规，组织实施心理咨询师资格认证工作，并颁发相应的资格证书，获得心理咨询师证书的人员，将具备一定的专业知识和技能，能够为社会提供专业的心理咨询服务。