健康管理师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)负责，各级卫生健康行政部门根据《健康管理师职业技能鉴定办法》的规定，对参加健康管理师职业技能鉴定并合格的人员进行统一编号、登记和管理，然后由省级卫生健康行政部门委托具有资质的职业技能鉴定机构进行健康管理师职业技能鉴定，并颁发相应的职业资格证书。

健康管理师证书的发放流程如下：

1、报名参加健康管理师职业技能鉴定考试，考生需在规定时间内向所在地卫生健康行政部门或其指定的报名点提交报名申请，填写《健康管理师职业技能鉴定报名表》，并交纳相关费用。

2、参加健康管理师职业技能鉴定考试，考试分为理论考试和实践操作考试两部分，考试内容主要包括健康管理相关知识、技能和素质等方面，考试成绩按照满分为100分的标准计算，达到60分以上者为合格。

3、成绩公布与复核，考试结束后，省级卫生健康行政部门会将考试成绩汇总上报国家卫生健康委员会，并在规定时间内公布考试成绩，考生如对成绩有异议，可在规定时间内向报名点提出复核申请。

4、证书颁发，对于通过考试并获得合格成绩的健康管理师考生，省级卫生健康行政部门会委托具有资质的职业技能鉴定机构进行健康管理师职业技能鉴定，并颁发相应的职业资格证书，证书上会注明考生的姓名、身份证号、考试成绩、发证日期等信息。

5、执业注册，获得健康管理师职业资格证书后，考生需要在所在单位或拟聘用单位进行执业注册，执业注册的具体程序和要求由各地卫生健康行政部门依据《健康管理师执业注册管理办法》的规定执行，完成执业注册后，考生方可依法从事健康管理工作。

需要注意的是，不同省份对于健康管理师证书发放的具体规定可能会有所不同，因此考生在报名参加考试时，应仔细了解当地的报名条件、考试时间、费用标准等相关信息，以确保顺利通过考试并获得健康管理师证书，考生还需关注国家卫生健康委员会及各地卫生健康行政部门发布的相关政策和通知，以便及时了解证书发放的最新动态。